La relación de la embajada con fiscales españoles viene de atrás. En un documento "no clasificado-de exclusivo uso oficial" del 3 de febrero de 2006, se recoge este comentario sobre el fiscal Eduardo Fungairiño, a raíz de la despedida de este de la Audiencia Nacional: "La embajada ha mantenido una estrecha relación de colaboración con Fungairiño durante muchos años. Su marcha dañará la cooperación judicial entre España y EE UU, por lo menos a corto plazo. Un consuelo es que Fungairiño seguirá formando parte del Grupo de Expertos Antiterroristas España-EE UU donde juega un papel positivo. Se ha perdido a un interlocutor de gran valor en la Fiscalía de la Audiencia."

El informe de la embajada se hace eco de la polémica divulgada aquellos días en algunos medios de comunicación, según la cual el fiscal general, Cándido Conde-Pumpido, había forzado el traslado de Fungairiño porque este se oponía a las negociaciones con ETA.

Fungairiño fue destinado al Tribunal Supremo y, desde su nuevo puesto, ha mantenido estrechas relaciones con la Embajada de EE UU. Como prueba, unas frases recogidas en el informe "secreto" de la embajada fechado el 28 de julio de 2006, en el que se comenta la noticia de que el Tribunal Supremo había decidido poner en libertad al talibán español Hahmed Abderraman, quien había sido condenado a seis años de prisión por la Audiencia tras haberlo trasladado desde Guantánamo a España en 2004.

El 25 de julio de 2006, un día después de conocerse el fallo del Supremo, el representante jurídico de la embajada contactó con Fungairiño (calificado en este punto como "estrictamente protegido"), quien calificó la decisión del Supremo como "simplista y populista". El fiscal Fungairiño, según ese informe, admitió que su compañero en la Audiencia había cometido errores en esta causa y que, aunque había problemas legales derivados de la estancia de Hahmed Abderraman en Guantánamo, en todo caso el Supremo "había ignorado" las pruebas de que el talibán español se había entrenado en actividades terroristas en Pakistán y Afganistán, un delito castigado en la legislación española.

El fiscal del Supremo comentó que al menos le quedaba el consuelo de que Abderraman "no representaba una amenaza grave", porque, como ya había señalado la policía española, "tiene la edad mental de un niño de 12 años, es ingenuo y tonto".