MALEN RUIZ DE ELVIRA - Madrid - 04/08/2010
Miles de jugadores en red, la mayoría no especializados, han demostrado resolver mejor la forma que adoptan las proteínas que los programas informáticos más avanzados, han hallado científicos de la Universidad de Washington (en Seattle). Averiguar cómo se pliegan las largas cadenas de aminoácidos de las proteínas en la naturaleza -su estructura en tres dimensiones- es uno de los grandes problemas de la biología actual, al que numerosos equipos dedican enormes recursos informáticos.
La estructura en tres dimensiones de una proteína es clave para comprender su función biológica y para diseñar fármacos que interactúen con ella. Sin embargo la predicción por ordenador de la estructura de una proteína representa un desafío muy grande porque hay que analizar un gran número de posibilidades hasta alcanzar la solución, que se corresponde con un estado óptimo de energía. Es un proceso de optimización.
En la Universidad de Washington David Baker y sus colegas decidieron en 2005 iniciar un proyecto de computación distribuida para aprovechar los tiempos muertos de los ordenadores de los voluntarios que se apuntaran. Se llamaba Rosetta@home y fue todo un éxito, como era de esperar tras el primero de este tipo, lanzado en 1999 por la organización SETI de búsqueda de vida extraterrestre. Sin embargo, pronto empezaron a llegar comentarios de algunos usuarios, que creían que podían hacer el trabajo más deprisa de lo que lo hacía el ordenador. De hecho, los humanos todavía disponen de un talento mucho más evolucionado para la manipulación espacial que los ordenadores, recuerda Eric Hand en un comentario en la revista Nature, donde se comunica este experimento.
El caso es que Baker se apoyó en informáticos para crear en 2008 un juego en red asociado a Rosetta@home, que llamaron Foldit (pliégalo, en inglés). En él los jugadores compiten, colaboran, desarrollan estrategias, acumulan puntos y escalan niveles, mientras manipulan proteínas simplificadas con herramientas intuitivas pero según las reglas de la bioquímica.
Para los jugadores que no saben nada de biología molecular se prepararon unos niveles de introducción, y se ha demostrado, según los científicos, que los mejores jugadores son en su mayoría, ajenos a la bioquímica.
Para comprobar su pericia, los científicos plantearon a los jugadores 10 problemas concretos de estructuras de proteínas que conocían pero que no se habían hecho públicas. Encontraron que en algunos de estos casos, concretamente cinco, el resultado alcanzado por los mejores jugadores fue más exacto que el de Rosetta. En otros tres casos las cosas quedaron en tablas y en dos casos ganó la máquina.
Además, las colaboraciones establecidas entre algunos de los jugadores dieron lugar a todo un nuevo surtido de estrategias y algoritmos, algunos de los cuales se han incorporado ya al programa informático original. "Tan interesantes como las predicciones de Foldit son la complejidad, la variedad y la creatividad que muestra el proceso humano de búsqueda", escriben los autores del trabajo, entre los que figuran, algo insólito en un artículo científico, "los jugadores de Foldit".
"La integración de la resolución de problemas visual y la capacidad de desarrollar estrategias de los humanos en los algoritmos de computación tradicionales a través de juegos en red interactivos constituye un enfoque nuevo y poderoso para resolver problemas científicos para los que existen limitaciones computacionales", aseguran los autores. "Estamos en el inicio de una nueva era, en la que se mezcla la computación de los humanos y las máquinas", dice Michael Kearns, un experto en el llamado pensamiento distribuido.
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20
pepi I
- 05-08-2010 - 13:06:59h
Los humanos ganan a otros humanos que no son capaces de programar todavía de forma adecuada unos ordenadores. Parece. según el titular, que unos ordenadores que estaban de copas, forman un equipo y se enfrentan a unos humanos que pasaban por allí.
19
Liliana Vargas
- 05-08-2010 - 10:54:01h
Javi (5) mas de acuerdo contigo que pa que!!! Antonio (9 y 13), pffff el comentario 9 era medianamente rescatable, pero ya con el 12 bajaste al -20, como defender lo indefendible?? y bueno, Titular sensacionalista (no parecias economista, grata sorpresa!!) tu frase "en un experimento científico puede ser muy valioso aplicar una metodología que permita invalidar una conclusión previamente aceptada" justifica el que todos los dias, algunas personas con verdadero espiritu de cientifico, traten de buscar (honorable, responsable y honestamente) respuestas a las preguntas que como civilizacion nos hacen avanzar... aunque es cierto que "ni son todos los que estan, ni estan todos los que son"...
18
Liliana Vargas
- 05-08-2010 - 10:41:34h
Observator "Las proteínas son estructuras de la naturaleza, susceptibles de análisis y comprensión desde el punto de vista matemático", craso error!!!
17
Observator
- 05-08-2010 - 05:24:24h
La noticia no es tan sorprendente, al fin y al cabo todos los programas informáticos se basan en el conocimiento y la experiencia humana, y nadie dijo que los actuales programas de modelación in silico de proteínas fueran perfectos. Esto sirve para mejorar los algoritmos, al final está claro que se desarrollarán programas mejores que podrán predecir las estructuras mejor y mucho más rápido que cualquier humano, es cuestión de tiempo (por ejemplo las primeras máquinas que jugaban al ajedrez eran bastante torpes). Las proteínas son estructuras de la naturaleza, susceptibles de análisis y comprensión desde el punto de vista matemático, ahí los computadores nos aventajan; cosa muy distinta ocurre con las creaciones humanas, como el lenguaje, o el arte, ahí los humanos siempre aventajarán a las máquinas, una sencilla prueba: mete cualquier texto de un idioma en un traductor automático y haz que lo convierta a otro idioma que conozcas, léelo... y trata de contener las carcajadas.
16
Titular sensacionalista 2
- 05-08-2010 - 01:38:21h
Antonio, 12, agradezco tu comentario, porque es constructivo, y tengo que reconocer que al menos algunos de los ejemplos que has puesto se escapan a mi entendimiento. Pero creo que hablamos de temas distintos, en un experimento científico puede ser muy valioso aplicar una metodología que permita invalidar una conclusión previamente aceptada. Pero mi experiencia, como economista, es más cercana a la toma de decisiones, y he tenido grandes desencuentros por la incomprensión general del planteamiento que he expuesto, que las técnicas de análisis disponibles actualmente (como las comprendidas dentro del Data Mining), como realmente adquieren una gran potencia es encontrando la combinación entre habilidades humanas y computacionales. Creo que no pensamos tan diferente como pueda parecer, pero yo lo enfoco desde un punto de vista más tecnológico, o utilitarista, y ahí sí que este artículo es un ejemplo de lo que he defendido muchas veces. Es cierto que quizás sea más una aplicación técnica que científica, pero yo estoy más enfocado en la aplicación que en la ciencia básica. Lo interesante es que estos temas den que hablar, porque tienen mucho potencial, quizás más en la parte que yo indico, y no tanto en la que mencionas, pero ya sabes, las aplicaciones son las que demuestran finalmente el valor de la ciencia básica. Un saludo.
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Interfaz del juego Foldit para optimizar la estructura en tres dimensiones de una proteína.- FOLDIT TEAM/WASHINGTON UNIVERSITY
Representación de la estructura tridimensional de una enzima, una tipo de proteína, de una bacteria (su ADN en verde) y su interacción con un antibiótico (en amarillo).- BEN BAX
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