La década de los noventa coincide con un cambio generacional. Gianni Bugno se llevó el triunfo en 1990, en una demostración de fuerza, ya que se vistió de rosa desde el prólogo. Eduardo Chozas (11º en la general), del equipo ONCE , consiguió la victoria española.
En 1991 llegó la irrupción de Franco Chioccioli. El ONCE consiguió dos triunfos de etapa, con Lejarreta y Chozas, y ambos terminaron entre los diez primeros. El CLAS-Cajastur logró los triunfos finales en las clasificaciones de la montaña, con Iñaki Gastón (23º en la general), y del Intergiro, con Alberto Leanizbarrutia.
En 1992 comenzó la era del navarro. Miguel Indurain participó por primera vez en el Giro para preparar el Tour. En la 9ª etapa se produjo la primera gran selección. Chioccioli fue el más perjudicado al perder casi tres minutos y medio. Indurain controló la carrera en todo momento. La última etapa fue una contrarreloj de 66 km con final en Milán. Indurain la ganó y llegó a doblar a su predecesor, Claudio Chiappucci.
El navarro repitió el éxito en 1993. En la decimocuarta etapa, tras una gran selección en la alta montaña, Indurain recuperó su condición de líder. Aquel día se decidió qué corredores iban a luchar por la victoria final. Indurain, Chiappucci y el letón Piotr Ugrumov se distanciaban en menos de un minuto. Las etapas de montaña de los días siguientes no establecieron nuevas diferencias y se llegó a la cronoescalada a Sestriere, de 55 kilómetros. Indurain volvió a arrasar. Sólo Ugrumov, segundo en la general, pudo resistir.
1994 fue el año de Eugeni Berzin. El español Laudelino Cubino ganó la 7ª etapa, disputada sobre un circuito en Fiuggi. Al día siguiente se disputaba una contrarreloj de 44 kilómetros, en la que se esperaba que Indurain diera el primer golpe de efecto, pero fue Berzin quien ratificó su liderato. En la etapa reina, en que se ascendían el Stelvio y el Mortirolo, Marco Pantani comenzó a demostrar su calidad. Indurain fue tras él, pero no pudo aguantar y Berzin logró rebasar al navarro, que perdió las opciones de su tercer Giro.
En 1995 Berzin no pudo repetir triunfo porque Tony Rominger se interpuso en su camino. El suizo, además, ganó cuatro etapas y las clasificaciones del Intergiro y por puntos.
En 1996 triunfó el ruso Pavel Tonkov. En una carrera que se inició en Atenas para conmemorar el centenario de los Juegos Olímpicos, Abraham Olano se mantuvo entre los favoritos durante la mayor parte de la carrera. Quedó a sólo un segundo de Berzin en la única contrarreloj. Sin embargo, en la subida al Mortirolo perdió casi tres minutos con respecto a Tonkov.
| Año | Ganador | Segundo | Tercero |
|---|---|---|---|
| 1996 | Pavel Tonkov (Rusia) | Enrico Zaina (Italia) | Abraham Olano (España) |
| 1995 | Tony Rominger (Suiza) | Eugeni Berzin (Rusia) | Piotr Ugrumov (Letonia) |
| 1994 | Eugeni Berzin (Rusia) | Marco Pantani (Italia) | Miguel Indurain (España) |
| 1993 | Miguel Indurain (España) | Piotr Ugrumov (Letonia) | Claudio Chiappucci (Italia) |
| 1992 | Miguel Indurain (España) | Claudio Chiappucci (Italia) | Franco Chioccioli (Italia) |
| 1991 | Franco Chioccioli (Italia) | Claudio Chiappucci (Italia) | Massimiliano Lelli (Italia) |
| 1990 | Gianni Bugno (Italia) | Charly Mottet (Francia) | Marco Giovannetti (Italia) |
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