Implicado en al menos 12 sumarios
El nombre de Juan Guerra aparece en más de una docena de sumarios, pero sólo uno ha acabado en sentencia firme: la del caso Cinsa, que le supuso, en junio de 1994, una condena de seis años y seis meses de inhabilitación, como autor de un delito de prevaricación dolosa, por la mediación ante el Ayuntamiento de Alcalá de Guadaira (Sevilla) en la compra y recalificación de fincas. El fallo, emitido por el Supremo, anuló una sentencia absolutoria de la Audiencia de Sevilla. Aparte del juicio por el uso del despacho de la Delegación del Gobierno en Andalucía, Juan Guerra tiene pendientes estos casos:HRT. Se imputa a Guerra un delito fiscal por el trasvase de fondos desde la sociedad HRT a Corral de la Parra, implicada en el caso Cinsa.
Puerto de la Plata. Este caso destapó la trama Guerra. Se le acusa de prevaricación por modificar la calificación de una finca de Defensa. Sumario bloqueado tras la intervención de cinco jueces.
Ángel Márquez. Juicio por desacato contra Juan Guerra y su ex defensor Antonio Mates, que denunciaron por prevaricación al juez Angel Márquez.
Entre los casos en los que las actuaciones no han concluido en sentencia condenatoria firme destacan:
Fracosur. En julio de 1993, la Audiencia de Sevilla revocó en sentencia firme la pena de un año de prisión y 15 millones de multa a la que habían sido condenados Juan Guerra y José María Ramos por un delito fiscal de Fracosur.
Comasa 1 y Comasa 2. En este caso, desglosado en dos sumarios, se juzgaba la venta irregular de acciones, maquinación para alterar el precio de las cosas, falsedad en documento, delito fiscal y prevaricación por la concesión irregular de terrenos municipales a Comasa. Juan Guerra fue absuelto definitivamente en diciembre de 1993.
Litomed. La Audiencia de Sevilla absolvió a Juan Guerra y a varios ex altos cargos de la Junta de de malversación y prevaricación por el desvío de enfermos a la clínica privada Litomed desde el Servicio Andaluz de Salud.
Cuarteles Docks y Maestranza. Imputación de estafa y cohecho por el intento de compra de instalaciones militares en Madrid. Diligencias archivadas.
Tragaperras. Se investigó la prevaricación, cohecho y falsedad en la concesión de licencias para máquinas de juego. Diligencias archivadas.
Alfas de Pi. Archivadas en un juzgado de Benidorm las diligencias contra Juan Guerr4 por cohecho y prevaricación en la venta de terrenos en L'Alfas de Pi (Alicante).
